Çölün sıra dışı özelliklerinden biri de içinde barındırdığı 144 adet irili ufaklı göldür. Bu göllerin büyük bir kısmının yer altı suları tarafından beslendiği düşünülmektedir. Bu durum, uçsuz bucaksız kumlarla kaplı bölgenin bazı noktalarında kalıcı su birikintilerinin oluşmasına olanak tanımaktadır.
Göllerdeki tuzluluk oranları, mineraller ve mikroorganizmalar farklılık gösterdiği için suların görünümü de çeşitlilik göstermektedir. Bu çeşitlilik, yukarıdan bakıldığında kum tepeleri arasında farklı renklerde göllerin sıralandığı eşsiz bir manzara oluşturmaktadır. Bu göller, çöl yaşamı için büyük önem taşımakta, çevresinde bitki örtüsünün gelişmesine ve çeşitli kuşlar ile diğer canlıların yaşamasına imkan sağlamaktadır.
Badain Jaran'ın bir diğer dikkat çekici özelliği ise kumlarından gelen sestir. Kurak kum taneleri, kumulların dik yamaçlarından toplu halde aşağı kaydığında titreşimler meydana gelmektedir. Çok sayıda kum tanesinin aynı anda hareketi, uğultuya veya uzaktan gelen bir sese benzeyen güçlü bir titreşim yaratmaktadır. Bu olay, özellikle büyük ve kuru kumullarda gözlemlenmektedir.
Bölgede yüzlerce metreye ulaşan devasa kum tepeleri bulunmaktadır. Bu kum tepelerinin bazıları 460 metreye kadar yükselmektedir. Kumların hareketiyle zaman zaman derin bir uğultu duyulması, bu oluşumların "şarkı söyleyen kumlar" olarak da bilinmesine neden olmaktadır. Badain Jaran Çölü, 144 renkli gölü, 460 metreye ulaşan dev kumulları ve ses çıkaran kumlarıyla 2024 yılında "Badain Jaran Çölü – Kum Kuleleri ve Göller" adı altında UNESCO Dünya Mirası Listesi'ne dahil edilmiştir.
